A l’inverse de la logique scolaire classique qui est d’apprendre pour restituer des savoirs, les Maisons familiales rurales appliquent une méthode pédagogique basée sur une démarche en deux temps : sur le terrain, le temps « de l’action et de la motivation » et à l’école, le temps « de la mise en commun et de la réflexion ». C'est l’alternance.

Le système pédagogique des Maisons familiales rurales s'appuie des séjours en entreprise et des séjours à l’école.

Mais pour que cela fonctionne pleinement, ce système doit être complété par d’autres aspects :

• les responsables sont actifs dans le suivi de leurs jeunes
• les formateurs assurent des cours, mais aussi ont des fonctions polyvalentes de relations, d’éducation, d’accompagnement,
• l’établissement est à taille humaine,
• l’apprentissage de la vie de groupe (notamment l’internat) est une pièce fondamentale du puzzle éducatif,
• la formation technique sert la formation générale,
• les jeunes sont acteurs de leur formation